Elementi di Bioinformatica (2019-20)
Elenco delle lezioni
| # | Docente | Data | Argomento | Materiale | Esercizi | Soluzioni |
|---|---|---|---|---|---|---|
| A1 | GDV | 2/10 | Pattern Matching. Algoritmo Bit-parallel per pattern matching esatto. | Gusfield 1.1, 4.1, 4.2.[1-2] | ||
| A2 | GDV | 3/10 | Richiamo linguaggio C. Karp-Rabin: algoritmo e implementazione. Cenni di Python. | parole | ||
| P1 | RR | 7/10 | Introduzione a Python. Stringhe, liste e tuple | Introduzione a Python, Stringhe, liste e tuple | Esercizio 1, File di input | Soluzione |
| A3 | GDV | 9/10 | Richiami shell Linux. Make | Gusfield 4.4 | ||
| A4 | GDV | 10/10 | Suffix array e Suffix tree: definizioni. Suffix array e Suffix tree: relazioni. LCP. Calcolo della sottostringa comune più lunga di 2 stringhe. | Gusfield 5, 5.1, 5.2, 5.3, 5.4, 7.4. dispensa slides | ||
| A5 | GDV | 17/10 | Suffix array: pattern matching. Implementazione di pattern matching su suffix array. | Gusfield 7.14 | ||
| P2 | RR | 21/10 | Dizionari e insiemi | Dizionari e insiemi | Esercizio 2 | Soluzione |
| A6 | GDV | 23/10 | Ricerca della sottostringa comune più lunga di k stringhe: algoritmo e implementazione | Gusfield 7.4 | ||
| P3 | RR | 28/10 | Espressioni regolari. Introduzione alla Bioinformatica. Esercizio di parsing del formato EMBL | Espressioni regolari | Esercizio 3, File di input | Soluzione |
| A7 | GDV | 30/10 | Range minimum query | |||
| A8 | GDV | 31/10 | Allineamento globale di 2 sequenze. Needleman-Wunsch. Allineamento locale di 2 sequenze. Smith-Waterman | Gusfield 11.2, 11.3, 11.4, 11.6, 11.7 | ||
| P4 | RR | 4/11 | Espressioni regolari. Espressione genica. Esercizio di parsing del formato EMBL | Esercizio 4, File di input, File del codice genetico | Soluzione | |
| A9 | GDV | 6/11 | Allineamento globale come caso generale di distanza di edit e LCS | Gusfield 11.6, 11.6.[1-2], 1.1, 4.1, 4.2.[1-2] | ||
| A10 | GDV | 7/11 | Allineamento con banda. Allineamento con gap | Gusfield 12.2.3, 12.2.4, 11.8 | ||
| P5 | RR | 18/11 | Esercizi di parsing del formato standard GTF (annotazione di un gene) | Esercizio 5, File GTF di input, File FASTA della genomica di riferimento | Soluzione | |
| A11 | GDV | 20/11 | Implementare algoritmi di programmazione dinamica. | |||
| A12 | GDV | 21/11 | Allineamento multiplo. Controllo di versione (git). Python, FFI, Cython. | Gusfield 14.1, 14.[5-6] | ||
| A13 | GDV | 27/11 | Sequenziamento: grafi di de Brujin | Gusfield 16.18 | ||
| A14 | GDV | 28/11 | Sequenziamento: string graphs | Gusfield 16.14, 16.15, 16.16, 16.17.1, 16.17.2 | ||
| P6 | RR | 2/12 | Esercizi di parsing del formato standard GTF (annotazione di un gene) | Esercizio 6, File GTF di input, File FASTA della genomica di riferimento | Soluzione | |
| A15 | GDV | 4/12 | Filogenesi basata su caratteri | Gusfield 17.3, 17.6.1. Jones&Pevzner Capitolo 10 | ||
| A16 | GDV | 5/12 | Filogenesi basata su distanze. Neighbor-joining. | Gusfield 17.1 17.2 17.4 | ||
| P7 | RR | 9/12 | Esercizi di parsing del formato standard FASTQ (qualità dei dati di sequenziamento) | Esercizio 7, File FASTQ di input | Soluzione | |
| A17 | GDV | 11/12 | Modelli di evoluzione. Max likelihood. | Felsenstein X.2, X.8 | ||
| A18 | GDV | 12/12 | Genotipi e Aplotipi: singolo individuo. | |||
| P8 | RR | 16/12 | Esercizi con Biopython | Esercizi Biopython, File FASTQ di NGS reads, File FASTA con sequenza genomica, File FASTA di ESTs, File EMBL di mRNA | ||
| A19 | GDV | 18/12 | Genotipi e Aplotipi: pedigree. |
Le lezioni su argomenti algoritmici si tengono il Mercoledì dalle 9.10 alle 10.30 e il Giovedì dalle 9.30 alle 12.00. Inizio lezioni: 2/10.
Le lezioni su Python si tengono nel LAB718 (edificio U7) a partire da Lunedì 7 ottobre.
Risorse online
Viene usato Github per gestire i programmi che vengono sviluppati o analizzati. Tutto il materiale (sia slide che i programmi) si troveranno nel repo lezioni.
Le note scritte del docente a lezione sono qui.
Azure Notebooks
Linux shell
Elenco comandi della shell
- ls, cd, pwd
- mv cp nano touch rsync
- redirection pipe cut wc sort head tail
- for history echo
- bash programs, script, filenames with spaces
- grep, find
- fg, bg, ctrl+c, ctrl+z, ps, kill, chmod
Materiale C
Materiale Python
- Installare conda, scegliendo la versione per Python 3
License
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